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過去
本院心臟胸腔血管外科於民國65年成立，當時由張昭雄醫師擔任科主任，於民國66年5月31日完成第一例開心手術（僧帽瓣膜置換術)。
民國80年，由當時甫由全美知名的Mayo Clinic深造回國的林萍章醫師擔任科主任，在林萍章醫師的領導之下，本科也於同年完成本院第一例心臟移植手術。此後，本科發展突飛猛進，於民國88年，本院開心手術突破一萬例，躋身為台灣心臟外科手術重鎮之一。
民國88年，本科因業務需要採功能性分科，分成心臟、胸腔、血管外科，心臟外科由自美國 Boston Children Hospital進修歸國之朱肇基醫師擔任心臟外科主任，原本林萍章教授擔任心臟胸腔血管外科系主任，率領科內同仁全力發展各類成人及兒童開心手術及相關之基礎研究。
民國94年，長庚實施主任任期制，由蔡峯鈞醫師接任成人心臟外科主任，張育生醫師接任小兒心臟外科主任，而林萍章教授在攻讀法律碩士之後，再次接任心臟胸腔血管外科系主任。
民國100年7月，由蔡峰鈞醫師接任心臟胸腔血管外科系主任，兼任成人心臟外科主任。
民國103年7月，林萍章醫師再次接任成人心臟外科主任，蔡峰鈞醫師續任心臟胸腔血管外科系主任。 民國106年7月，劉國聖醫師接任成人心臟外科主任。
現在
目前本科由劉國聖醫師擔任主任，在科內同仁的努力之下，目前在(1)不停跳冠狀動脈繞道手術，(2) 二尖瓣修補手術，(3)主動脈手術，(4)心臟衰竭治療等方面均卓然有成。截至民國95年, 本院開心手術已突破一萬五千例, 各項成果豐碩, 成績直逼國際水平。
一方面積極推動心臟移植，另一方面也召集科內年輕醫師包括王耀章醫師、武孟餘醫師, 黃耀廣醫師、曾棋南醫師成立體外維生系統(俗稱〝葉克膜〞)小組，運用新科技來搶救更多各類心肺衰竭的病患，加上張育生醫師也帶入小兒心臟手術的新觀念，本科至此更是氣象一新。
本科鑑於目前心臟衰竭的病人日益增多，而心臟移植來源相較之下益形缺乏，便與國際同步，引進異於傳統開心手術的新觀念，來治療各類伴有重度心臟衰竭的心臟病變，希望能提高此類病人接受開心手術的成功率，延後需要換心的時間。更與心臟內科等相關科系大力合作，構建心衰竭治療中心，於民國95年特別與德國柏林心臟中心合作，成為全台灣唯一衛生署核准執行人體試驗的醫學中心，引進新一代的心室輔助器- Incor 及Excor, 對不適合換心的心衰竭患者可用於永久性的心臟支持, 對急需換心的心衰竭患者可用於等待換心前的暫時性的心臟支持，目前均有成功臨床案例, 對眾多的心衰竭患者，提供了最積極、最先進的治療。
未來
著眼於未來心臟血管手術將走向精緻化，低侵襲性及小切口的手術的時代將來臨，本科在雄厚而扎實的傳統開心手術的基礎上，林口長庚紀念醫院心臟外科下一步將是發展機器人手臂(達文西)的微創開心手術及胸主動脈內支架等低侵襲性的最新醫療技術. 以提供病患更多樣、更有效、更安全的治療。
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